Сюжет игры стартует сразу после событий «Маятника» - глав манги и серий аниме, которые посвящены прошлому вайзардов, Урахары и Айзена сотоварищи, то есть событиям, произошедшим примерно за сто лет до начала основного сюжета.
Итак, Айзен Соуске попытался превратить часть капитанов и лейтенантов Готей-13 в Пустых, но благодаря Урахаре его эксперимент сорвался.  Оболганные и осужденные, капитан 12го отряда, а так же его друг, Цукабиши Тессай, лейтенант кидо-корпуса, вынуждены с помощью Шихоуин Йоруйчи скрываться в Мире Живых, как и пострадавшие от Айзена шинигами.
Официальным приказом Ямамото-сотайчо запрещает преследование беглецов. Изгнание – и так тяжелая кара, а Готей слишком ослаблен потерей стольких капитанов и старших офицеров. Несмотря на недовольство Совета 46ти, генерал куда больше времени посвящает поиску новых шинигами, сильных и талантливых, на главенствующие посты.
Тем временем Айзен, а так же его верные помощники, Ичимару Гин и Канаме Тоусен, не оставляют своих изысканий. Иллюзии Киока Суигецу защищают их, позволяя совершать вылазки в Уэко Мундо – вотчину Пустых. Самых сильных из них Соуске планирует перетянуть на свою сторону, либо силой подчинить и вынудить к сотрудничеству.
Оказавшись в опале, в городке Каракура, бывшие шинигами, которые теперь называют себя «вайзардами» (visored от англ. – те, кто носит маску), а так же Урахара, Йоруйчи и Тессай, вынуждены как-то приспосабливаться к новой жизни. А время-то неспокойное, 1900й год,  Япония во власти индустриализации, европеизаций и всевозможных реформ…
Что же касается всего Общества Душ, то оно и не заметило толком всей этой свистопляски. В Руконгае по-прежнему идет постоянная борьба за место под солнцем, в Академии юные шинигами постигают тайны своего будущего ремесла, в поместьях аристократии царят мир и покой.
Тут и начинается наша история.